La vida institucional de CIPDER se remonta al año 1991, donde empezó a trabajar como integrante de una coordinadora para participar en la ejecución del Programa de Emergencia de Lucha contra el Cólera, que fue apoyado económicamente por el Fondo General Contravalor Perú – Canadá.

Fueron muchas las ventajas que se tuvo del trabajo conjunto y concertado, entre ellas: la eliminación de la duplicidad de esfuerzos, el abaratamiento en los insumos por escala de adquisiciones, la reducción del número de personas y trámites intervinientes; la utilización de similares metodologías e instrumentos de gestión, seguimiento, evaluación, y el intercambio de experiencias. Posteriormente, en mérito a los resultados positivos de esta experiencia, las siete instituciones CEDEPAS, CENTRO IDEAS, PROESA, DAS, EDAC y RAIZ, deciden formar el Consorcio Interinstitucional para el Desarrollo Regional – CIPDER, el mismo que empieza a accionar en julio de 1992.

En febrero de 1993, CIPDER incorpora a ASPADERUC y CEDAJ e inicia la ejecución del Programa de Acción Regional de Cajamarca – PARC, proyecto concertado con todas las instituciones socias, financiado por el Fondo General Contravalor Perú – Canadá, que estuvo orientado a actividades agropecuarias y de agroindustria, articuladas con un enfoque de cuenca, que contribuyeron al desarrollo rural sustentable y con equidad en la Región Nor Oriental de Marañón, sobre la base de la capacidad productiva de sus ecosistemas.

Posteriormente CEDAS reemplaza a DAS y PROESA se desactiva. Además en PARC intervinieron otras instituciones como ADEFOR, CAPECC, PRONAMACHS, REDE, ITDG, INDESA y CARE. En la actualidad las instituciones Socias del Consorcio son: ASPADERUC, CEDAS,  CENTRO IDEAS, DIACONIA Y EDAC.